En las células eucariotas el material genético se encuentra almacenado en forma de cromatina cuya unidad básica es el nucleosoma. Los nucleosomas representan una barrera física para los procesos que utilizan el ADN como molde. La cromatina es una estructura dinámica y las células cuentan con Remodeladores de Cromatina dependientes de ATP (de la familia SNF2) y con Modificadores de histonas. Los primeros, están encargados de generar cambios conformacionales en la organización y posicionamiento de los nucleosomas y los segundos presentan actividades enzimáticas que introducen modificaciones post traduccionales en las histonas y generan un código que señaliza el reclutamiento de otros complejos.
Muchos de estos mecanismos se encuentran conservados de levadura a humanos. En nuestro laboratorio contamos con amplia experiencia en el modelo de Saccharomyces cerevisiae y estamos interesados en estudiar el posicionamiento de los nucleosomas, los complejos Remodeladores y Modificadores de histonas en organismos de interés biológico. Actualmente, en una colaboración con el laboratorio del Dr. Guillermo D. Alonso (http://ingebi-conicet.gov.ar/es_senalizacion-y-mecanismos-adaptativos-en-tripanosomatidos) estamos estudiando la estructura y función de la cromatina en los tripanosomátidos, organismos que divergieron tempranamente en el árbol de los eucariotas. Estos últimos, cobran gran interés no sólo por su relevancia clínica, sino por presentar histonas poco conservadas, modificaciones post tradicionales inusuales y modulación de la expresión génica por variantes de histonas. Para abordar nuestros estudios utilizamos principalmente genómica y bioinformática como así también técnicas bioquímicas y de biología molecular.

Integrantes del grupo

Sofía Balestra
Estudiante de Licenciatura en Cs. Biológicas FCEN, UBA.

Lic. Santiago Carena
Becario Doctoral (CONICET)

Lic. María del Rosario López
Becaria Doctoral (CONICET)

Publicaciones

Improving genome-wide mapping of nucleosomes in Trypanosome cruzi
Paula Beati1, Milena Massimino Stepñicka1, Salome C. Vilchez Larrea, Pablo Smircich, Guillermo D. Alonso*, Josefina Ocampo*. Plos ONE 2023 Nov 21;18(11):e0293809. doi: 10.1371/journal.pone.0293809. eCollection 2023.
*co-correspondencia

Interplay among ATP-Dependent Chromatin Remodelers Determines Chromatin Organisation in Yeast
Prajapati HK, Ocampo J*, Clark DJ* (2020)
* co-corresponding authors
doi.org/10.3390/biology9080190

Accessibility of promoter DNA is not the primary determinant of chromatin mediated gene regulation
Chereji RV*, Eriksson PR*, Ocampo J*, Prajapati HK, Clark DJ (2019)
*Igual contribución de los autores
Genome research, 2019 Dec;29(12):1985-1995 DOI: 10.1101/gr.249326.119

Contrasting roles of the RSC and ISW1/CHD1 chromatin remodelers in RNA polymerase II elongation and termination
Ocampo J, Chereji RV, Eriksson PR, Clark DJ. (2019)
Genome Res. 2019 Jan 25. doi: 10.1101/gr.242032.118

Gcn4 binding in coding regions can activate internal and canonical 5′ promoters in yeast
Rawal Y, Chereji RV, Valabhoju V, Qiu H, Ocampo J, Clark DJ, Hinnebusch AG. (2018)
Molecular Cell 70(2):297-311, Apr 19, 2018

MNase-sensitive Complexes in Yeast: Nucleosomes and Non-histone Barriers
Chereji R*, Ocampo J*, Clark D. (2017)
* Igual contribución de los autores.
Molecular Cell 65, 578–580, February 2, 2017

The Proto-chromatosome: A Fundamental Subunit of Chromatin?
Ocampo J*, Cui F*, Zhurkin VB, Clark DJ. (2016)
* Igual contribución de los autores
Nucleus. 2016 Jul 3;7(4):382-7

The ISW1 and CHD1 ATP-dependent chromatin remodelers compete to set nucleosome spacing in vivo
Ocampo J1, Chereji RV1, Eriksson PR, Clark DJ. (2016)
1 Igual contribución de los autores
Nucleic Acid Research. 2016 Jun 2; 44 (10) 4625-35.

A Positive Twist to the Centromeric Nucleosome
Ocampo J and Clark DJ (2015)
Cell Reports. Preview, 2015 Oct 27;13(4):645-6.

Novel Nucleosomal Particles Containing Core Histones and Linker DNA but no Histone H1
Cole HA*, Cui F*, Ocampo J*, Burke TL, Nikitina T, Nagarajavel V, Kotomura N, Zhurkin VB, Clark DJ. (2015)
* Igual contribución de los autores
Nucleic Acids Res. 2015 Sep 22. pii: gkv943

Heavy transcription of yeast genes correlates with differential loss of histone H2B relative to H4 and queued RNA polymerases
Cole HA, Ocampo J, Iben JR, Chereji RV, Clark DJ. (2014)
Nucleic Acids Res. 2014 Nov 10;42(20):12512-22.

Proyectos

– Estructura de la cromatina en los distintos estadios del ciclo de vida de Trypanosma cruzi: impacto sobre la expresión diferencial de genes
– Caracterización de las histona metil transferasas TcDOT1a y TcDOT1b
– Rol de la metilación diferencial de H3K76 en el ciclo de vida de T. cruzi

Posiciones ofrecidas

Búsqueda de becario doctoral
Proyecto: “Regulación epigenética del ciclo celular en Trypanosoma cruzi
Contamos con beca Agencia otorgada
Contacto: Dra. Josefina Ocampo (jocampo@dna.uba.ar) y Dr. Guillermo Alonso (galonso@dna.uba.ar)

Financiamiento

Proyectos de Investigación Científica y Tecnológica 2018 (PICT 2018). ANPCyT, FONCyT. Nro. 00621
“Caracterización de las isoformas TcDOT1a y TcDOT1b e implicancia de la metilación diferencial de H3K76 en los distintos estadios del ciclo de vida de Trypanosoma cruzi

Proyectos de Investigación Científica y Tecnológica 2020 (PICT 2020). ANPCyT, FONCyT. Nro. 0047
“Metilación diferencial de H3K76 y del ADN en los distintos estadios del ciclo de vida de Trypanosoma cruzi

Proyectos de Investigación Bianuales para Investigadoras/es Asistentes y Adjuntas/os de reciente ingreso al CONICET PIBBA 2022-2023.
“Implicancias de la metilación diferencial de H3K76 mediada por las isoformas TcDOT1A y TcDOT1B en los distintos estadios del ciclo de vida de Trypanosoma cruzi

Integrantes previos

Lic. Malena Balestrasse
Lic. Valentina Sol Vela
Lic. Romina Zambrano Siri

  • Investigadora Adjunta de CONICET.
  • 2002 Bioquímica, Universidad Nacional de Rosario
  • 2003-2004 Departamento de Parasitología ANLIS” Dr. Carlos Malbrán”
  • 2010 Dra. de la UBA área Química Biólogica FCEyN UBA
  • 2010-2012 Becaria Post doctoral CONICET
  • 2012-2018 Becaria Post doctoral (Visiting Fellow) NICHD_NIH
  • 2015 Fellow Award for Research Excellence (FARE) 2015, NIH
  • 2017 Fellow Award for Research Excellence (FARE) 2017, NIH