En las células eucariotas, el material genético se encuentra almacenado en forma de cromatina, cuya unidad básica es el nucleosoma. Nuestro laboratorio busca comprender cómo la organización de la cromatina y sus marcas epigenéticas impactan en la regulación de la expresión génica en las células eucariotas. Muchos de estos mecanismos se encuentran conservados de levaduras a humanos. En nuestro laboratorio contamos con amplia experiencia en el modelo de Saccharomyces cerevisiae y, además, estamos particularmente interesados en los tripanosomátidos, organismos altamente divergentes. Especialmente, nos enfocamos en la comparación de la cromatina de Trypanosoma cruzi, patógeno de relevancia epidemiológica, y la de sus células hospedadoras. Usando técnicas de bioquímica, biología molecular, edición génica (CRISPR-Cas9), secuenciación profunda y análisis bioinformáticos, centramos nuestros estudios en comprender la organización de los nucleosomas, las marcas epigenéticas y su relación con proteínas que controlan el ciclo celular, la estabilidad genómica y la virulencia.
Integrantes del grupo
Lic. Santiago Carena
Becario Doctoral (CONICET)
Lic. María del Rosario López
Becaria Doctoral (CONICET)
Lic. Romina Zambrano Siri
Becaria Doctoral (FCEyN, UBA)
Catalina Machera
Estudiante de Licenciatura en Biología, Universidad Favaloro
Ludmila Dick
Estudiante de Licenciatura en Genética, UNNOBA
Mauro Cheminet
Estudiante de Licenciatura en Biología, FCEyN-UBA
Publicaciones
Determining Histone Posttranslational Modifications Along the Cell Cycle in Trypanosoma cruzi by Flow Cytometry.
María Del Rosario López, Guillermo D Alonso, Josefina Ocampo. Springer Protocols(2026)
Beyond the transcript: chromatin implications in trans-splicing in Trypanosomatids.
Romina Trinidad Zambrano Siri, Paula Beati, Lucas Inchausti, Pablo Smircich, Guillermo Daniel Alonso and Josefina Ocampo*. PLoS One. 2026 Feb 26;21(2):e0343367. eCollection 2026.
Trypanosomatid histones: the building blocks of the epigenetic code of highly divergent eukaryotes.
Josefina Ocampo, Santiago Carena, María del Rosario López, Valentina Sol Vela, Romina Trinidad Zambrano Siri, Sofia Antonella Balestra, Guillermo Daniel Alonso. Biochem J 18 March 2025; 482 (06): 325–340. doi: https://doi.org/10.1042/BCJ20240543
Improving genome-wide mapping of nucleosomes in Trypanosome cruzi
Paula Beati, Milena Massimino Stepñicka1, Salome C. Vilchez Larrea, Pablo Smircich, Guillermo D. Alonso*, Josefina Ocampo*. Plos ONE 2023 Nov 21;18(11):e0293809. doi: 10.1371/journal.pone.0293809. eCollection 2023.
*co-correspondencia
Interplay among ATP-Dependent Chromatin Remodelers Determines Chromatin Organisation in Yeast
Prajapati HK, Ocampo J*, Clark DJ* (2020)
* co-corresponding authors
doi.org/10.3390/biology9080190
Accessibility of promoter DNA is not the primary determinant of chromatin mediated gene regulation
Chereji RV*, Eriksson PR*, Ocampo J*, Prajapati HK, Clark DJ (2019)
*Igual contribución de los autores
Genome research, 2019 Dec;29(12):1985-1995 DOI: 10.1101/gr.249326.119
Contrasting roles of the RSC and ISW1/CHD1 chromatin remodelers in RNA polymerase II elongation and termination
Ocampo J, Chereji RV, Eriksson PR, Clark DJ. (2019)
Genome Res. 2019 Jan 25. doi: 10.1101/gr.242032.118
MNase-sensitive Complexes in Yeast: Nucleosomes and Non-histone Barriers
Chereji R*, Ocampo J*, Clark D. (2017)
* Igual contribución de los autores.
Molecular Cell 65, 578–580, February 2, 2017
The Proto-chromatosome: A Fundamental Subunit of Chromatin?
Ocampo J*, Cui F*, Zhurkin VB, Clark DJ. (2016)
* Igual contribución de los autores
Nucleus. 2016 Jul 3;7(4):382-7
The ISW1 and CHD1 ATP-dependent chromatin remodelers compete to set nucleosome spacing in vivo
Ocampo J1, Chereji RV1, Eriksson PR, Clark DJ. (2016)
1 Igual contribución de los autores
Nucleic Acid Research. 2016 Jun 2; 44 (10) 4625-35.
A Positive Twist to the Centromeric Nucleosome
Ocampo J and Clark DJ (2015)
Cell Reports. Preview, 2015 Oct 27;13(4):645-6.
Proyectos
– Estudio de la organización y la accesibilidad de la cromatina en tripanosomátidos
En esta línea tratamos de comprender cómo se organiza la cromatina a escala genómica haciendo uso de secuenciación de segunda y tercera generación. También estamos explorando cómo se afecta la epigenética frente al daño genotóxico.
– Modificadores de histonas, marcas epigenéticas y su relación con proteínas que controlan el ciclo celular en Tripanosoma cruzi
Esta línea se centra en la caracterización funcional de las metiltransferasas de histonas DOT1 y SET (putativas), así como en el mapeo de modificaciones postraduccionales de histonas. Nuestro objetivo es esclarecer la interacción entre estas marcas epigenéticas y la maquinaria que regula la progresión del ciclo celular en el parásito.
Financiamiento
Proyectos de Investigación Científica y Tecnológica 2018 (PICT 2018). ANPCyT, FONCyT. Nro. 00621
“Caracterización de las isoformas TcDOT1a y TcDOT1b e implicancia de la metilación diferencial de H3K76 en los distintos estadios del ciclo de vida de Trypanosoma cruzi”
Proyectos de Investigación Científica y Tecnológica 2020 (PICT 2020). ANPCyT, FONCyT. Nro. 0047
“Metilación diferencial de H3K76 y del ADN en los distintos estadios del ciclo de vida de Trypanosoma cruzi”
Proyectos de Investigación Bianuales para Investigadoras/es Asistentes y Adjuntas/os de reciente ingreso al CONICET PIBBA 2022-2023.
“Implicancias de la metilación diferencial de H3K76 mediada por las isoformas TcDOT1A y TcDOT1B en los distintos estadios del ciclo de vida de Trypanosoma cruzi”
Integrantes previos
Lic. Sofía Balestra
Lic. Malena Balestrasse
Lic. Valentina Sol Vela
- Investigadora Independiente de CONICET.
- 2002 Bioquímica, Universidad Nacional de Rosario
- 2003-2004 Departamento de Parasitología ANLIS” Dr. Carlos Malbrán”
- 2010 Dra. de la UBA área Química Biólogica FCEyN UBA
- 2010-2012 Becaria Post doctoral CONICET
- 2012-2018 Becaria Post doctoral (Visiting Fellow) NICHD_NIH
- 2015 Fellow Award for Research Excellence (FARE) 2015, NIH
- 2017 Fellow Award for Research Excellence (FARE) 2017, NIH